民國八十九年二月股務代理部以專業、品質、效率及服務為目標開業，成立初期以承辦自家股務，服務股東開始做起，由於本部主要幹部來自各綜合券商，股務經驗豐富，專業知識及對股東之服務，深獲發行公司肯定，在短短六年間代理發行公司家數擴充至81家。
九十一年二月四日本公司與交通銀行共組兆豐金融控股公司擴大組織經營規模，九十一年八月金控母公司將倍利證券與中興證券納入證券版圖並於九十一年十二月三十日完成變更登記，更名為倍利國際證券股份有限公司，而後於九十五年六月二十六日正式更名為兆豐證券股份有限公司。而股務代理部在各級長官要求中擴展部門組織規與人員訓練，為日後業務拓展作準備，雖然股務代理部成立時間較短，但以專業、高品質、高效率及誠信之服務原則，提供公開發行公司及股東更完善之服務。
一般日常作業服務項目
- 關於股票之過戶、質權之設定、消滅。
- 關於股東或質權人及其法定代理人之姓名、地址及印鑑等之登記或變更登記。
- 除前列各款外其他有關股東及其他關係人就股務關係之申請或報告之受理。
- 關於股東名簿及附屬帳冊之編製與管理。
- 關於股票（包括憑證）之保管、換發、交付及簽證。
- 關於股東會召開通知書或股東會出席證之寄發及股東會出席通知書或委託書之登記與統計、股東會當日對股東補辦出席及出席股數統計，以及其他對於股東之通知或報告之寄送。
- 關於股務照會或事故報告受理及其他有關詢問事項之處理。
- 關於股利（包括配股）之計算、發放及代扣稅款之代繳。
- 關於股份之統計及依法令或契約向財政部證券暨期貨管理委員會、證券交易所、櫃檯買賣中心、台灣證券集中保管公司、簽證機構或其他機構應提出有關股務之報告、或資料之編製。
- 關於新股之發行、資本之減少、股份之分割合併之事項。
- 前列各款附帶之其他事項。
TDR股務作業服務項目
- TDR的兌回出售。
- TDR的兌回持有。
- TDR的再發行。
- 股東會作業、除權、除息作業。
- 持有人一般股務日常作業。
基金股務作業服務項目
- 基金承銷募集作業。
- 基金申購作業。
- 基金贖回作業。
- 定期定額申購作業。
- 受益分配、受益人大會。
- 受益人一般股務作業。
受益證券股務作業服務項目
- 受益人會議。
- 受益分配。
- 受益證券持有人一般股務作業。
特殊作業項目
- 協助公司召開股東會作業。
- 協助公司現金股利發放作業。
- 協助公司增資發行新股作業。
- 關於公司上市(櫃)前股務輔導作業。
- 關於各種公司債息發放及稅款扣繳作業。
- 關於公司可轉債、換股權利證書上市（下市）、轉換普通股等各項作業。
- 關於公司合併案相關股務作業。
- 關於公司發行無實體股票股務作業。
- 關於公司增、減資、更名、全面換票股務作業。